Les bactéries : découverte et classification

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Portrait en peinture d'Anthoni Van Leeuwenhoek

Des micro-organismes vivants…

Les bactéries sont des micro-organismes vivants, au même titre que les virus et les champignons. Elles ont été découvertes à la fin du 17^ème siècle par Anthoni Van Leeuwenhoek, naturaliste hollandais, qui inventa la microscopie.^1,2 Elles sont très nombreuses et ont souvent été considérées comme des agents pathogènes et agressifs, responsables de maladies plus ou moins graves. Mais, contrairement au virus, ce n’est pas toujours le cas… En effet, le corps humain est colonisé par de nombreuses bactéries qui constituent la « flore commensale».² Par exemple, au niveau du système digestif, le microbiote intestinal, largement impliqué dans les processus de digestion et de défense de l’organisme, est composé d’environ mille milliards de bactéries. Certaines de ces bactéries sont utilisées dans l’alimentation ou dans certains médicaments pour rééquilibrer le microbiote et rétablir une fonction digestive normale (suite à des épisodes de diarrhées…).³

La morphologie bactérienne

Les bactéries mesurent entre 0,5 et 10-15 μm. Ce sont des organismes procaryotes qui ne possèdent pas de noyau, mais un ADN chromosomique circulaire situé dans le cytoplasme. De nombreuses bactéries contiennent une autre structure d’ADN extra-chromosomique, appelée plasmide. Elles sont entourées d’une paroi complexe et possèdent souvent des flagelles.²

Les classifications bactériennes

Il existe différents types de classifications des bactéries.
La classification de Linné permet de distinguer différents niveaux : le règne, l’embranchement, la famille, le genre et l’espèce.¹

Chaque espèce se distingue par des caractéristiques métaboliques et morphologiques : les cocci seront plutôt courts et sphériques, les bacilles en forme de bâtonnet, d’autres peuvent être incurvés ou spiralés…^1,2 En ce qui concerne les noms, le premier mot (en italique et commençant par une majuscule) correspond au genre, le deuxième (en minuscule et aussi en italique) correspond à l’espèce : Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae...¹

Une autre classification, fréquemment utilisée, correspond à leur réaction au contact de la coloration de Gram. Il s’agit d’une méthode permettant de différencier les bactéries en fonction de leur capacité de coloration variant selon la composition de leur paroi.¹ Ainsi, les bactéries colorées en bleu-violet seront dites à Gram positif et celles en rose à Gram négatif.²

Enfin, elles peuvent être classées en fonction de leur besoin d’oxygène pour survivre en bactéries aérobies ou en bactéries anaérobies.¹

Lorsque l’environnement leur est favorable, en termes de nutriments, température, pH, oxygène… les bactéries pourront alors survivre et se multiplier. Dans certaines circonstances, les bactéries peuvent avoir un pouvoir pathogène important et être responsables de maladies bénignes ou graves.¹

Les principales bactéries ⁴ :

bactéries aérobies +
- COCCI+
  - GRAM POSITIF
  - - - - Staphylococcus
        
        • Staphylococcus aureus (méti-R et méti-S)
        
        • Staphylocoque à coagulase négative
      - - Streptococcus
        
        • Streptocoque bêta-hémolytique
        
        ▫ Streptococcus pyogenes (groupe A),
        
        ▫ S. agalactiae (groupe B),
        
        ▫ S. dysgalactiae (groupe C),
        
        • S. pneumoniae
        
        • Autres streptocoques
        
        ▫ S. mutans, S. oralis, S. salivarius, S. sanguis, complexe « milleri » (S. anginosus, S. constellatus, S. intermedius), S. gallotyticus (ex S. bovis)
      - - Enterococcus
        
        • Enterococcus faecalis
        
        • E. faecium
  - GRAM NÉGATIF
  - - - - Neisseria
        
        • N. gonorrhoeae
        
        • N. meningitidis
- bacilles+
  - GRAM POSITIF
  - - - - Bacillus
        • Bacillus anthracis
      - - Corynebacterium
      - - Erysipelothrix
      - - Listeria
      - - Nocardia
      - - Tropheryma whippelii
  - GRAM NÉGATIF
  - - - - Entérobactéries
        
        • Citrobacter
        
        • Enterobacter
        
        • Escherichia coli
        
        • Klebsiella
        
        • Proteus
        
        • Salmonella
        ο Salmonella typhimurium
        
        • Serratia
        
        • Shigella
        ο Shigella sonnei
        
        • Yersinia
        ο Yersinia enterocolitica/li>
      - - Coccobacilles
        
        • Branhamella
        
        • Brucella
        ο Brucella abostur
        
        • Campylobacter
        
        • Coxiella
        
        • Francisella
        
        • Haemophilus
        
        • Helicobacter
        
        • Kingella
        
        • Legionella
        
        • Moraxella
        ο Moraxella catarrhalis
        
        • Rickettsia
      - - Autres bacilles à Gram négatif :
        
        • Acinetobacter
        
        • Aeromonas
        
        • Bordetella
        
        • Burkholderia
        
        • Pasteurella
        
        • Pseudomonas
        
        • Stenotrophomonas
        
        • Vibrio
BACTÉRIES ANAÉROBIES +
- - GRAM POSITIF
  - - - - Actinomyces
      - - Clostridium :
        
        • C. botulinum
        
        • C. difficile
        
        • C. perfringens
        
        • C. tetani
      - - Peptococcus
      - - Propionibacterium acnes
  - gram négatif
  - - - - Bacteroides
      - - Eubacterium
      - - Fusobacterium
      - - Porphyromonas
      - - Prevotella
AUTRES BACTÉRIES +
- - Spirochètes
  - - - - Borrelia
      - - Leptospira
      - - Treponema
        • Treponema paalidum
  - Mycobactéries
  - - - - M. avium
      - - M. leprae
      - - M. tuberculosis
      - - M. africanum
      - - M. kansasii
      - - Mycobacteries
  - Autres
  - - - - Intracellulaires :
        
        - Chlamydia
        • Chlamydia psittaci
      - - Sans paroi (mollicutes) :
        
        • Mycoplasma
        
        • Ureaplasma

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Streptococcus pneumoniae

Streptococcus pyogenes

Staphylococcus aureus

Escherichia coli

Klebsiella pneumoniae

JP. Flandrois. Bactériologie Médicale. Coll Azay. Puf. 2000.
Heart T. Shears P. Atlas de poche de microbiologie. Médecine-Sciences-Flammarion. 2006.
Goulet O. La flore intestinale : un monde vivant à préserver. Journal de pédiatrie et de puériculture (2009) 22, 102—106
CMIT. Tableau des principales bactéries. In : E.PILLY : Vivactis Plus Ed ;2014 p 251.

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Une main tenant une loupe regardant une pilule

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