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Le séquençage global du génome pour suivre la transmission de N. gonorrhoeae

Contexte :

Face à l’augmentation de la fréquence des gonorrhées, l’émergence et la propagation des souches de Neisseria gonorrhoeae résistantes aux antibiotiques, des approches nouvelles doivent être développées. D. De Silva et coll. ont eu recours au séquençage global du génome afin de définir la diversité génétique entre les échantillons, et étudier la transmission de ce germe et détecter les résistances au sein des isolats de N. gonorrhoeae.

Méthodes :

Ces derniers ont été obtenus à partir de prélèvements effectués chez des patients ayant consulté dans des centres de santé sexuelle implantés à Brighton (Royaume-Uni), entre le 1er janvier 2011 et le 9 mars 2015. Ont été également inclus des isolats provenant d’autres sites britanniques, ainsi que des isolats anciens obtenus à Brighton. Des données antérieures issues d’une étude étatsunienne ont été aussi prises en compte.

Les prélèvements de dépistage effectués dans les centres de santé ont concerné des patients symptomatiques et asymptomatiques. Dans tous les cas, les techniques classiques d’amplification génique des acides nucléiques ont été utilisées. Les échantillons positifs et tous ceux provenant des patients symptomatiques, positifs ou non, ont été mis en culture à la recherche de N. gonorrhoeae. Le séquençage global du génome a été appliqué aux isolats obtenus. Enfin, la sensibilité à une céphalosporine de 3e génération a été évaluée au sein d’isolats sélectionnés. Les données séquencées ont été utilisées pour déterminer les types de séquence multi-antigènes et les génotypes penA. Un nomogramme a été constitué à partir de ces données pour déterminer la plausibilité d’une transmission directe ou indirecte entre deux cas, en fonction du délai séparant les deux prélèvements : les taux de mutations estimés, la diversité individuelle des sites anatomiques et les paires de transmission probables ont été employés pour ajuster un modèle de coalescence, l’objectif étant de déterminer le nombre de SNP (single nucleotide polymorphisms) attendus.

Résultats :

L’immense majorité des isolats (1 407/1 437, 98 %) obtenus à Brighton entre le 1er janvier 2011 et le 9 mars 2015 ont été séquencés avec succès. Au total, 1 061 infections ont été identifiées chez 907 patients et 281 d’entre elles (26 %) n’ont pu être distinguées d’un ou plusieurs cas précédents, dans la mesure où aucun SNP ne les démarquait. En revanche, 786 infections (74 %) étaient caractérisées par un lien direct ou indirect avec des prélèvements effectués à Brighton. Des échantillons multiples liés entre eux ont été détectés dans diverses aires géographiques. Sur 1 273 infections décelées à Brighton (incluant les données historiques), 225 (18 %) ont ainsi pu être reliées à un autre cas survenu ailleurs au Royaume-Uni et 115 (9 %) à un cas aux Etats-Unis. Quatre lignées initialement identifiées à Brighton ont pu être liées à 70 séquences identifiées aux Etats-Unis, dont 61 portant l’allèle en mosaïque penA XXXIV, associé à une diminution de la sensibilité à la céphalosporine testée.

Interprétation :

L’outil diagnostique présenté dans cette étude repose sur le séquençage global du génome de N. gonorrhoeae. Une telle approche permet de tracer tout contact avec ce germe et la transmission locale, nationale et internationale de ces infections sexuelles. Le séquençage génomique global peut ainsi être utilisé au-delà des frontières géographiques pour étudier la transmission des gonorrhées et détecter les résistances aux antibiotiques.


Dr Philippe Tellier

De Silva D et coll. Whole-genome sequencing to determine transmission of Neisseria gonorrhoeae : an observational study. Lancet Infect Dis 2016 ; 16 : 1295-1303.

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