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Epidémies à Neisseria meningitidis : apport du séquençage génomique

Les infections à méningocoques sont réputées pour leur évolution rapide et leur virulence, en particulier chez les adultes jeunes, constituant un défi pour le contrôle de l'infection en raison de la taille, de la dynamique et des comportements sociaux de cette population.

Les infections à méningocoques sont réputées pour leur début brutal et leurs complications potentiellement sévères, en termes de mortalité à court terme ou de séquelles neurologiques à long terme. Dans les pays développés, l’incidence de la maladie prédomine chez les nourrissons et les jeunes enfants (âge < 5 ans), avec des pics chez l’adolescent et l’adulte jeune : Certains groupes sont à risque élevé, tels que les militaires et les étudiants qui séjournent dans des lieux clos tels que les dortoirs où la propagation des épidémies est facilitée.

N. meningitidis,germe le plus souvent impliqué dans les méningites bactériennes, est classé en douze sérotypes en fonction de la structure polysaccharidique capsulaire qui conditionnent l’effet protecteur des vaccins disponibles.

Aux États-Unis, un vaccin antiméningococcique quadrivalent conjugué est recommandé depuis 2000 pour les étudiants entrants à l’université (protection contre les sérotype A, C, Y, et W) faisant ainsi diminuer l’incidence des infections invasives à méningocoque dans cette population.
Concernant le sérogroupe B, les vaccins n'étaient disponibles que fin 2014.
Depuis 2008, des épidémies à N. meningitidis ont été rapportées dans huit sites universitaires.
Les Centres de contrôle et de prévention des maladies (CDC) ont modifié la définition de l’épidémie à méningite méningococcique B : ≥ 2 cas pour une population de 5 000 personnes (ou 3 cas dans une population ≥ 5000 personnes) survenant en moins de 6 mois.
En 2013, deux épidémies indépendantes, liées à N. meningitidis du groupe B (MnB), ont été rapportées dans deux universités américaines. La première dans le New Jersey (9 cas entre mars 2013 et mars 2014°. La seconde, en Californie (4 cas durant le seul mois de novembre 2013).

Quelle a été la réponse apportée en termes de santé publique ?

La première a été l’approbation d’un vaccin contre les méningocoques du groupe B, non disponible aux États-Unis à l’époque.
De plus, comme détaillé dans l’étude rétrospective de Hao L. et coll., le séquençage du génome entier (SGE) a permis d’examiner le profil génétique des germes des patients infectés des deux sites touchés et de mettre en évidence des schémas évolutifs différents. Ainsi, dans le New Jersey, les isolats de méningocoques B étaient très proches les uns des autres, avec des différences imputables à des événements génétiques du type single nucleotide polymorphisms/ insertion-deletion (SNP/indel). Dans l’université californienne, les isolats se sont séparé en deux clades phylogénétiques différant en partie du fait de recombinaisons intéressant des régions étendues (>30 kb) du génome qui incluaient les facteurs de virulence. La comparaison de ces deux épidémies de méningocoques B grâce au SGE a ainsi démontré la complexité génétique de ces derniers, laquelle sous-tend l’évolution de l’épidémie et la virulence des méningites à méningocoque.

Au total, cette étude rétrospective souligne les avancées rapides des techniques de séquençage qui ont transformé l’épidémiologie moléculaire, parmi lesquelles le SGE occupe une place centrale, du fait de sa haute résolution, de sa rapidité de réalisation et de sa précision, autant de qualités requises dans la surveillance épidémiologique en temps réel, notamment des infections à méningocoques réputées pour leur évolution rapide et leur contagiosité.


Dr Philippe Tellier

Hao L et coll. Distinct evolutionary patterns of Neisseria meningitidis serogroup B disease outbreaks at two universities in the USA. Microb Genom. 2018. Publication avancée en ligne le 4 avril. doi: 10.1099/mgen.0.000155

7000023084-11/2018


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